Больше всего потом уйдет времени на оптимизацию цсс бутстрапа.. От где проблемма то будет..Думаю придется разделять цсс на несколько файлов именно по плюшкам, то есть, еси чел ставит какую то плюшку то включается нужный цсс соотвественно с нужными классами