при нагрузке от MySQL лучше увеличить размер кэша таблиц чтобы они не читались с диска а сразу тянулись из памяти.
Ну и как выше писали надо анализировать статистические данные которые собирает pma и крутить настройки сервера.
Просмотр поста #36837: Администрирование BДС (вопрос/ответ)
Simba
Кадило крутится, лавэха мутится