Хороший пароль для рута ставить надо. Плюс закрывать порты, которые не нужны извне, и сменить порт ssh тоже не помешает.
Тут проще переустановить все с нуля, чем искать все файлы ботнета.
Просмотр поста #46489: Заблокировали сервер
Folour
Think different