Скорее всего, ломали сам хостинг, точнее дистрибутив Линукса, который там стоит.
З.Ы.
А насчет безопасности двига, сегодня, если успею, выложу Вам один ништяк.
Это Антишпионско-антихакерский модуль
Я его написал для нового проекта, но потом подумал, что и в JohnCMS неплохо было бы встроить.
Мы используем файлы cookie и сервис веб-аналитики Яндекс.Метрика. Используя сайт, вы соглашаетесь с Политикой использования cookie-файлов и даёте согласие на обработку данных сервисом веб-аналитики Яндекс.Метрика в соответствии с Политикой обработки персональных данных. Cookies можно отключить в любой момент в настройках вашего браузера.