Что бы скрипт не оставлял пароль в истории bash, надо установить на сервер sshpass.
# пример скрипта
export SSHPASS=mypassword
sshpass -e scp backup.zip user@backup.com:/path_to_backup/ # пример скрипта
export SSHPASS=mypassword
sshpass -e scp backup.zip user@backup.com:/path_to_backup/