CKEditor не добавляет в адрес доменное имя
Так и задумано. Чтобы при смене домена не нужно было менять адрес во всех постах.
не интерпретирует обратно символ обратного слеша "%5C"
Это косяк, который надо будет поправить. Проявляется судя по всему только на виндовых сборках php. На хостинге будет работать норм (если там конечно не винда будет). В будущих версиях будет учтено. В винде можно в WSL развернуть сервер, но это уже как хочется.
Непонятно, зачем для одного изображения создается 3 вложенных папки.
Это для того, чтобы в одной папке не было сотен тысяч или миллионов файлов (на крупных проектах). Потом в эту папку будет проблематично зайти.